Cette filière d’épuration s’appuie sur le pouvoir épurateur des végétaux aquatiques : algues, hydrophytes (plantes d’eau libre) et hélophytes (plantes du bord des eaux). Les eaux usées séjournent simplement dans une série de bassins à ciel ouvert peuplés de ces végétaux. Le roseau (ou phragmite) et autres plantes vigoureuses ont été largement utilisés à cet effet sous le nom de « macrophytes ». Ces dernières consomment les composés polluants dissous dans l’eau – azote et phosphore –, qui constituent pour eux des éléments nutritifs. Par ailleurs elles servent de supports à de nombreux organismes microscopiques – algues et bactéries – qui font le gros du travail. Certains systèmes se bornent à mettre en oeuvre l’épuration par « microphytes » ou algues unicellulaires. Quant aux hydrophytes, elles absorbent les nutriments en excès à travers les parois cellulaires de leurs tiges et feuilles très ramifiées et produisent de l’oxygène nécessaire à la décomposition des matières organiques et à l’oxydation de l’azote ammoniacal préjudiciable au milieu aquatique. Leur rôle se cantonne plutôt au bassin de finition, souvent négligé.