Este tipo de depuración se basa en el poder depurador de las plantas acuáticas: algas, hidrofitos (plantas al aire libre) y helofitos (plantas en la orilla). Las aguas usadas pasan de temporada en temporada simplemente en una serie de estanques a cielo abierto llenos de estas plantas. Los juncos (o carricerín cejudo) y otras plantas vigorosas se han utilizado mucho para esto con el nombre de “macrofitos”. Estas últimas consumen los compuestos contaminantes disueltos en el agua, como el nitrógeno y el fósforo, que constituyen un elemento nutritivo para ellos.
Por otro lado, sirven de soporte a los múltiples organismos microscópicos, algas y bacterias, que hacen la mayoría del trabajo.
Algunos sistemas se limitan a poner en marcha la depuración por “micrófitos” o alga unicelulares. En cuanto a los hidrofitos, absorben los nutrientes en exceso a través de las paredes celulares de sus tallos y hojas muy ramificadas y producen el oxigeno necesario para la descomposición de materias orgánicas y para la oxidación del nitrógeno amoniacal perjudicial en el medio acuático. Su papel se centra más bien en los estanques ya acabados, a menudo descuidados.